Lo stemma civico di Villafranca Padovana era già in uso nel secolo scorso e fino a qualche anno fa si vedeva dipinto sul frontone del palazzo municipale costruito nel 1877. Esso appare sulla carta intestata dell’ente a partire dal 1876, tuttavia nessuna notizia fu rintracciata sulla sua origine e sul suo significato, nemmeno attraverso la consultazione del fascicolo istruttorio, custodito a Roma presso l’Archivio Centrale dello Stato, che portò al riconoscimento araldico mediante apposito Decreto del Capo del Governo.

È parere dell’autore che la prima parte, a sinistra rispetto a chi guarda lo stemma, faccia riferimento alla cristianità del luogo (croce e colori della chiesa) e ricordi l’antico santuario della Madonna delle Grazie, eretto nel 1499.
La storia di Villafranca Padovana è legata alla famosa apparizione della Vergine che nel 1479 suscitò una profonda emozione.

Una piccola fanciulla muta vide ad un tratto un insolito chiarore ed una donna vestita di bianco che le sorrideva soavemente. Dopo averle fatto miracolosamente recuperare la parola, la Madonna comandò che fosse edificato un tempio nel medesimo luogo del miracolo.

La seconda parte dello stemma (pali e fasce), sempre a parere dello scrivente giacché nessun accenno viene fatto in fonti documentali certe, potrebbe ricordare la geografia locale caratterizzata dalla presenza di moltissimi corsi d’acqua intersecati da numerosi ponti e strade (fra cui l’Arzere della Regina, di origine romana, che congiungeva Padova con Marostica ed Asiago).

Come altri stemmi dell’epoca, il bozzetto miniato, conservato nell’archivio municipale, è sormontato dal cosiddetto Capo del Littorio, in vigore dal 1933 al 1943.

A titolo di curiosità, si fa presente che la miniatura del gonfalone, vistata dalla Presidenza del Consiglio, presenta nella prima partizione dello scudo l’inversione dei "metalli" oro ed argento.

Il più antico riferimento al drappo di Villafranca Padovana si ha in un comunicato della Deputazione Comunale del 5 novembre 1866 inviato alla Congregazione Municipale di Padova. Nell’atto si fa cenno all’esecuzione di un gonfalone per accogliere trionfalmente Vittorio Emanuele Il dopo il plebiscito con cui il Veneto fu annesso al Regno d’Italia.